Kontrola ta przeprowadzana jest przez pracowników Wydziału Kontroli i Audytu Wewnętrznego, których obowiązek wykonywania kontroli został określony w zakresach czynności służbowych, bądź którzy do wykonywania tego rodzaju kontroli zostali upoważnieni na piśmie przez Starostę.
Celem kontroli instytucjonalnej jest badanie:
- zgodności działania z obowiązującymi przepisami prawa,
- przestrzegania realizacji procedur wewnętrznych,
- skuteczności i efektywności działania, w tym prawidłowości i trafności podjętych rozwiązań i działań oraz sposobów ich realizacji,
- organizacji pracy, gospodarności, rzetelności oraz celowości działania,
- sposobu zapewnienia ochrony zasobów podmiotu,
- przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania,
- efektywności i skuteczności przepływu informacji,
- procedur zarządzania ryzykiem.